Aquí os dejo los comandos más útiles para administrar un servidor Linux:

sysctl
Descripción: Configurar los paràmetros del kernel en tiempo de ejuecución.
Ejemplos: sysctl -a

ulimit
Descripción: muestra los limites del sistema (maximo de ficheros abiertos, etc..)
Ejemplos: ulimit

adduser
Descripción: añadir usuario de sistema.
Ejemplos: adduser pepe, adduser -s /bin/false pepe

userdel
Descripción: = eliminar usuario de sistema
Ejemplos: userdel pepe

usermod
Descripción: = modificar usuario de sistema
Ejemplos: usermod -s /bin/bash pepe

df
Descripción: = disk free. espacio en disco disponible. Muy util.
Ejemplos: df, df -h

uname
Descripción: =unix name. Informacion sobre el tipo de unix en el que estamos, kernel, etc.
Ejemplos: uname, uname -a

netstat
Descripción: la informacion sobre las conexiones de red activas.
Ejemplos: netstat, netstat -ln, netstat -l, netstat -a

ps
Descripción: =proccess toda la informacion sobre procesos en ejecucion.
Ejemplos: ps, ps -axf, ps -A, ps -auxf

free
Descripción: muestra el estado de la memoria RAM y el SWAP.
Ejemplos: free

ping
Descripción: heramienta de red para comprobar entre otras cosas si llegamos a un host remoto.
Ejemplos: ping www.rediris.es

traceroute
Descripción: herramienta de red que nos muestra el camino que se necesita para llegar a otra maquina.
Ejemplos: traceroute www.rediris.es

du
Descripción: =disk use. uso de disco. Muestra el espacio que esta ocupado en disco.
Ejemplos: du *, du -sH /*, du -sH /etc

ifconfig
Descripción: =interface config. configuracion de interfaces de red, modems, etc.
Ejemplos: ifconfig, ifconfig eth0 ip netmask 255.255.255.0

route
Descripción: gestiona las rutas a otras redes.
Ejemplos: route, route -n

iptraf
Descripción: muestra en una aplicacion de consola TODO el trafico de red IP, UDP, ICMP.
Permite utilizar filtros, y es SUMAMENTE UTIL para diagnostico y depuracion de firewalls
Ejemplos: iptraf

tcpdump
Descripción: vuelca el contenido del trafico de red.
Ejemplos: tcpdump, tcpdump -u

lsof
Descripción: muestra los ficheros(librerias, conexiones) que utiliza cada proceso
Ejemplos: lsof, lsof -i, lsof | grep fichero

lsmod
Descripción: Muestra los modulos de kernel que estan cargados.
Ejemplos: lsmod

modprobe
Descripción: Trata de instalar un modulo, si lo encuentra lo instala pero de forma temporal.
Ejemplos: modprobe ip_tables, modprobe eepro100

rmmod
Descripción: Elimina modulos del kernel que estan cargados
Ejemplos: rmmod

sniffit
Descripción: Sniffer o husmeador de todo el trafico de red. No suele venir instalado por defecto.
Ejemplos: sniffit -i